Koronaviruksen alkuperä: genomianalyysi ehdottaa, että kaksi virusta voi olla yhdistetty

Kuva kautta Michal Ico / Unsplash

Tämä Alexandre Hassaninin artikkeli julkaistaan ​​uudelleen täällä luvalla Keskustelu . Tämä sisältö jaetaan täällä, koska aihe saattaa kiinnostaa Snopesin lukijoita, mutta se ei kuitenkaan edusta Snopes-tosiseikkojen tarkistajien tai toimittajien työtä.




Muutaman viikon kuluessa olemme kaikki oppineet paljon COVID-19: stä ja sen aiheuttavasta viruksesta: SARS-CoV-2. Mutta on myös ollut paljon huhuja. Ja vaikka tätä virusta koskevien tieteellisten artikkeleiden määrä kasvaa, sen alkuperässä on edelleen monia harmaita alueita.



Millä eläinlajeilla se esiintyi? Lepakko, pangoliini tai muu villi laji? Mistä se tulee? Luolasta tai metsästä Kiinan Hubei-provinssissa tai muualla?

Joulukuussa 2019 27 ensimmäisestä 41: stä sairaalahoitajasta (66%) kulki markkinoiden läpi Wuhanin kaupungin sydämessä Hubein maakunnassa. Mutta a Wuhanin sairaalassa tehty tutkimus , ensimmäinen tunnistettu ihmistapaus ei käynyt näillä markkinoilla. Sen sijaan, molekyylidatointiarvio, joka perustuu SARS-CoV-2-genomisekvensseihin osoittaa alkuperän marraskuussa. Tämä herättää kysymyksiä tämän COVID-19-epidemian ja villieläinten välisestä yhteydestä.



Genomitiedot

SARS-CoV-2-genomi kiinalaisten tutkijoiden sekvensoitiin nopeasti. Se on RNA noin 30 000 emäksen molekyyli, joka sisältää 15 geeniä, mukaan lukien S-geeni, joka koodaa viruksen verhokäyrän pinnalla sijaitsevaa proteiinia (vertailun vuoksi genomimme on noin 3 miljardin emäksen kokoisen DNA: n kaksoiskierteen muodossa ja sisältää noin 30000 geeniä).

Vertaileva genomianalyysit ovat osoittaneet, että SARS-CoV-2 kuuluu Betakoronavirukset ja että se on hyvin lähellä SARS-CoV , joka on vastuussa akuutin keuhkokuumeepidemian esiintymisestä marraskuussa 2002 Kiinan provinssissa Guangdongissa ja levinnyt sitten 29 maahan vuonna 2003. Kirjattiin yhteensä 8098 tapausta, joista 774 kuoli. Tiedetään, että suvun lepakot Rhinolophus (mahdollisesti useita luolalajeja) olivat tämän viruksen säiliö ja että pieni lihansyöjä, kämmenesiitti ( Paguma larvata ), on voinut toimia väli isäntä lepakoiden ja ensimmäisten ihmisen tapausten välillä.

Siitä lähtien monet Betakoronavirukset on löydetty pääasiassa lepakoista, mutta myös ihmisistä. Esimerkiksi RaTG13, eristetty lajin lepakosta Rhinolophidae-sukuiset Kiinan Yunanin maakunnassa kerätty, on äskettäin kuvattu hyvin samankaltaiseksi SARS-CoV-2: n kanssa genomisekvenssit identtiset 96%: n kanssa . Nämä tulokset osoittavat, että lepakot ja erityisesti suvun lajit Rhinolophus , muodostavat SARS-CoV- ja SARS-CoV-2-virusten säiliön.



Yksi, Rhinolophidae-sukuiset .
Alexandre Hassanin,Kirjoittaja

Mutta miten määrität säiliön? Säiliö on yksi tai useampi eläinlaji, joka ei ole tai ei ole kovin herkkä virukselle, joka isännöi luonnollisesti yhtä tai useampaa virusta. Taudin oireiden puuttuminen selittyy immuunijärjestelmän tehokkuudella, mikä antaa heille mahdollisuuden taistella liikaa virusten lisääntymistä vastaan.

Rekombinaatiomekanismi

7. helmikuuta 2020 saimme tietää, että pangolinista on löydetty vielä lähempänä SARS-CoV-2: ta oleva virus. 99%: lla genominen vastaavuus ilmoitettu , tämä ehdotti todennäköisempää säiliötä kuin lepakot. Kuitenkin a viimeaikainen tarkasteltava tutkimus osoittaa, että Malesian pangoliinista eristetyn koronaviruksen genomi ( Manis javanica ) on vähemmän samanlainen kuin SARS-Cov-2, vain 90% genomisesta vastaavuudesta. Tämä osoittaisi, että pangoliinissa eristetty virus ei ole vastuussa tällä hetkellä riehuvasta COVID-19-epidemiasta.

Pangoliinista eristetty koronavirus on kuitenkin samanlainen 99%: lla S-proteiinin tietyllä alueella, mikä vastaa 74 aminohappoa, jotka ovat mukana ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2) -reseptoria sitovassa domeenissa, joka sallii viruksen pääsyn ihmissoluja tartuttamaan ne. Sitä vastoin virus RaTG13 eristettiin lepakosta R. liittyvät on hyvin erilainen tällä erityisellä alueella (vain 77% samankaltaisuudesta). Tämä tarkoittaa, että pangoliinista eristetty koronavirus kykenee pääsemään ihmissoluihin, kun taas lepakosta eristetty R. liittyvät ei ole.

Lisäksi nämä genomiset vertailut viittaavat siihen, että SARS-Cov-2-virus on seurausta kahden eri viruksen välisestä rekombinaatiosta, joista toinen on lähellä RaTG13: ta ja toinen lähempänä pangoliinivirusta. Toisin sanoen se on kimeeri kahden olemassa olevan viruksen välillä.

Pangoliinin aiheuttama koronavirus voi olla yksi COVID-19: n lähteistä.
Wildlife Alliance / Flickr , CC BY

Tällä rekombinaatiomekanismilla oli jo kuvattu koronaviruksissa, erityisesti selittääkseen SARS-CoV: n alkuperää. On tärkeää tietää, että rekombinaatio johtaa uuteen virukseen, joka mahdollisesti pystyy tartuttamaan uuden isäntälajin. Jotta rekombinaatio tapahtuisi, kahden eri viruksen on oltava infektoineet saman organismin samanaikaisesti.

Kaksi kysymystä on edelleen vastaamatta: missä organismissa tämä rekombinaatio tapahtui? (lepakko, pangoliini tai muu laji?) Ja ennen kaikkea, missä olosuhteissa tämä rekombinaatio tapahtui?


Alexandre Hassanin , Apulaisprofessori (HDR) Sorbonnen yliopistossa, ISYEB - Systemaattisen instituutin, evoluution, biologisen monimuotoisuuden laitos (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Kansallinen luonnonhistoriallinen museo (MNHN)

Tämä artikkeli on julkaistu uudelleen Keskustelu Creative Commons -lisenssillä. Lue alkuperäinen artikkeli .